药王殿供奉药祖神农氏、药王孙思邈、药仙李时珍的神位，既感怀三位神主的恩德，也向三位神主表达健康长寿的祈愿。

药祖神农氏，是上古“三皇”之一。继华夏民族的族群祖先伏羲氏之后，神农氏遍尝百草，教百姓种植五谷，辨认各种草药，带领华夏文明进入一个新的历史时期，被推为天下共主，后人尊称为“炎帝”。

据《元和姓纂》等书记载，神农生于姜水，所以姓姜，名伊耆，又号烈山氏。相传他于四月二十六日出生，身高八尺七寸，厚唇。神农所在的部落，大概信奉太阳神，举行祭祀太阳神的仪式时戴牛头面具，所以后来的一些文献记载说，神农是太阳神，牛首人身。

神农尝百草，是中国文明史上一段神奇而且壮美的传说。相传，在远古蛮荒时期，人类靠狩猎为生，不仅居无定所，而且时常遭遇狩猎的危险，狩猎所得的食物毕竟有限，食用野生动物诱发的各种疾病，又经常缠绕着人类，人口的生息繁衍因此受到自然生存法则的严酷限制。神农氏感受民生疾苦，于是发愿寻找新的食物来源。从山泽到原野，各种植物花繁叶茂，但没有人知道这些植物对于人类的生存发展，究竟有什么样的帮助。于是神农氏开始了一场艰难的试验，以个人的生命冒险去换取人类的整体安全。他尝试着食用各种植物的花果根叶，结果发现有些植物可以充饥，有些植物可以治病。可以充饥的植物有麦、稻等“五谷”，神农教导民众种植“五谷”，民众因此获得安全的食品，华夏民族也因此最先进入农耕社会。可以治病的植物更多，神农将这些植物的特性和药用功能记录下来，写成《神农本草经》，在民间传播医药知识，民众知道用药物对抗疾病，过去那种遇疾病只好听天由命的时代也就结束了。华夏民族的生息繁衍因此日益昌盛起来，而神农氏也被炎黄子孙敬奉为“炎帝”，敬奉为医药鼻祖。

据说，神农氏最后因尝试有剧毒的“火焰子”，结束了这场艰苦卓绝的药物试验。但神农氏以个人生命为代价换取人类整体安全的精神，却始终流淌在炎黄子孙的血脉中。炎黄子孙信奉神农，敬仰神农，正是这一精神血脉代代相传的体现。

药王孙思邈（公元581—682）是唐初著名的医药学家，也是著名的道士。出生于京兆华原（今陕西耀县）。史载孙思邈聪颖特达，七岁入学，日诵千言，当时有些善于品藻人物的名流，赞叹孙思邈乃“圣童”。到二十岁时，已经能讲论《老子》《庄子》等义理深奥的经典，还能掌握诸子百家学术，又好研读佛教的典籍。唐初四杰中的卢照邻等文豪，不仅执弟子之礼追随孙思邈，而且评价他“髙谈正一则古之蒙荘子，深入不二则今之维摩诘”。孙思邈还博学多闻，熟知历史故实，魏征奉命编写梁、陈、周、隋等朝代的历史，往往向孙思邈咨询。隋文帝征召孙思邈为国子博士，被他拒绝了；唐太宗试图授予孙思邈爵位，也被他拒绝了；唐高宗试图让孙思邈就任谏议大夫之职，又被他拒绝了。终其一生，孙思邈的大部分时间都用于山林采药和民间行医。

孙思邈在医药学方面的探求是十分坚毅的，成就是异常杰出的。坚毅的探求精神，和他幼年时的经历有关。孙思邈幼年因感风寒，体弱多病，四处寻医问药，罄尽家产。这样的遭遇使他发下宏愿，立志研精医术药理，救助百姓疾苦。南北朝末期天下动乱，孙思邈便隐居太白山，潜心研究医药，对于各种方剂的搜集、验证，取得划时代的成就，尤其是在儿科医药方面，多用心力。所著《千金方》、《千金翼方》等，都是中国传统医药的千古经典。

北宋崇宁二年（公元1103 年），加封孙思邈为“妙应真人”，以表彰他的医药方剂妙济苍生的灵验。道教和民间则敬奉孙思邈为药王。

药仙李时珍（公元1518—1593年）字东璧，号濒湖，湖北蕲春人，是中国传统药物学的集大成者。他出身于医术世家，祖父是游方郎中，称为“铃医”，父亲李闻，号月池，以医术精湛，在当地渐知名。李时珍青少年时期，试图应科举，年十四中秀才，此后三次应试皆落第，于是锐意医药研究，广泛阅读各家各派的药物学著作。成名后，李时珍受聘为楚王府“奉祠正”，又被举荐为太医院判，得以广见闻，接触更多的医药学典籍。随着读书日广，见闻日丰，李时珍也就发现各家药物学著作所存在的问题。其中最突出的问题，是品数繁杂，名称混乱，以讹传讹的现象时时有之。对于解决这类问题，尽信书不如无书，单纯的典籍校读是不能法会作用的。于是，李时珍开始走访民间，开展切切实实的调研，以实践知识校正药物学典籍中不准确甚至错误的记载。经过长期的调研，李时珍解决了许多药物学上的疑难问题，纠正了许多讹误，最终于公元1578年撰写成《本草纲目》。这部书是中国药物学的集大成之作，将中国药物学的发展推向一个新的高峰，全书52卷，记录药物1892种，其中有374种是新增的，另载各类方剂万余种，附图千余幅。

自明朝廷发布《本草纲目》，这部巨著就在社会上广泛流传开来，李时珍以科学实证精神所取得的药物学成就，随之成为华夏民族共同的知识财富，福惠苍生。